אמוניה הינה תוצר פירוק במקרים של קטבוליזם. האמוניה הינה טוקסית למערכת העצבים המרכזית. רמה מוגברת של אמוניה בדם יכול להעיד על אנצפלופטיה כבדית ומצב קומה ממקור כבדי במקרים סופניים של מחלת הצירוזיס, באי ספיקה כבדית חריפה, ובתסמונת ע"ש Reye . רמה מוגברת של אמוניה תימצא גם במקרים של דיאטה מרובת חלבון.