פעילות גבוהה של אלנין אמינוטראנספראז נמצאת בכבד, בשרירי השלד, בלב, ובכליות. ALT יכול לשמש כסמן לפעילות כבדית. הוא מהווה סמן רגיש לפגיעה בכבד והוא ספציפי יותר מ-AST למטרה זו. רמת ה- ALT של הסרום עולה במהירות בכבד פגוע במחלות כמו: צהבת, צירוזיס, בגידולי כבד, צהבת חסימתית, בתסמונת ע"ש Reye , במקרים של טראומה מקיפה בשרירי השלד, במיוזיטיס, מיוקרדיטיס ובאוטם חריף של הלב. ALT משמש גם כסמן סקר (screening ) לצהבת