בתחום אנדוקרינולוגיה ילדים, קיימות מרפאות בשני הקמפוסים - בעין-כרם ובהר-הצופים. המרפאות עוסקות בהערכה של בעיות הורמונליות בגיל הילדות מכל הסוגים.
בשל קשר קרוב עם מעבדות משוכללות של המרכז הרפואי והאוניברסיטה קיימת הצלחה באבחון וטיפול בבעיות רפואיות סבוכות שיש בהן מרכיב הורמונלי וזאת בנוסף לטיפול ומעקב שגרתי בבעיות הורמונליות שכיחות של גיל הילדות כגון הפרעות גדילה, הפרעות בתהליך ההתבגרות המינית, מאזן הסידן ובניית העצם, בלוטת התריס ועוד.
בנוסף, בעין-כרם קיים מעקב אנדוקריני ארוך טווח אחרי ילדים שהחלימו ממחלות ממאירות או עברו השתלת מיח עצם לטיפול במחלות גנטיות. בהר הצופים, נוטלים רופאי היחידה חלק בטיפול ומעקב בחולים במרפאה למחלות כרוניות.
בנוסף למרפאות מתבצעים תבחינים אנדוקריניים דינמיים בשני הקמפוסים הן כחלק מבירור מקרים המגיעים למרפאותינו והן כשירות הניתן לרופאים אנדוקרינולוגים העובדים בקהילה בירושלים ובסביבתה.
התחו בהדסה מאושר כיחידה על ידי המועצה המדעית של ההסתדרות הרפואית לצורך הכשרה של רופאים באנדוקרינולוגיה ילדים. מספר רופאים כבר עברו הכשרה במסגרת זו.