היחידה לאנדוקרינולוגיה ילדים נמצאת גם בקמפוס הר הצופים וגם בקמפוס עין כרם. מרפאות אנדוקרינולוגיה ילדים עוסקות בהערכה של בעיות הורמונליות בגיל הילדות מכל הסוגים.
בשל קשר קרוב עם המעבדות המשוכללות של המרכז הרפואי והאוניברסיטה קיימת הצלחה באבחון וטיפול בבעיות רפואיות סבוכות שיש בהן מרכיב הורמונלי, וזאת בנוסף לטיפול ומעקב שגרתי בבעיות הורמונליות שכיחות של גיל הילדות.
הפרעות אלו כוללות הפרעות גדילה, הפרעות בתהליך ההתבגרות המינית, מאזן הסידן ובניית העצם, בלוטת התריס ועוד. בנוסף, בעין-כרם קיים מעקב אנדוקריני ארוך טווח אחרי ילדים שהחלימו ממחלות ממאירות או עברו השתלת מח עצם לטיפול במחלות גנטיות.
בהר הצופים נוטלים רופאי היחידה חלק בטיפול ומעקב בחולים במרפאה למחלות כרוניות. בנוסף לטיפול, במרפאות אנדוקרינולוגיה ילדים מתבצעים תבחינים אנדוקריניים דינמיים כחלק מבירור מקרים המגיעים למרפאותינו וגם כשירות הניתן לרופאים אנדוקרינולוגים העובדים בקהילה בירושלים ובסביבתה.
התחום בבית חולים הדסה מאושר כיחידה על ידי המועצה המדעית של ההסתדרות הרפואית לצורך הכשרה של רופאים באנדוקרינולוגיה ילדים. מספר רופאים כבר עברו הכשרה במסגרת זו.