בדיקת ריצוף עמוק לגידולים

(Next-Generation Sequencing (NGS

מטרת הבדיקה:

נתינת מענה דיאגנוסטי פרוגנוסטי ופרדיקטיבי לחולי סרטן.

הבדיקה מיועדת לאיתור מוטציות נקודתיות וחוסרים או תוספות קטנים (insertions and deletions -indels) בגידולים סרטניים באמצעות ריצוף מקטעי גנים. מוטציות באונקוגנים או גנים הקשורים לסרטן יכולים להציע אופק טיפולי נוסף למטופל.

הבדיקה נערכת על DNA המופק מרקמה מקובעת בפורמלין ומשוקעת בפרפין (FFPE- formalin fixed parafin emmbeded), או בעדיפות על DNA מרקמה טרייה אם ישנו בנמצא.

יתרונות הריצוף העמוק:

צורך בכמות קטנה יחסית של DNA) 10 ng).

מתאים לדגימות קליניות של גידולים. ג. ניתן לבדוק את המוטציות בכל הגנים באמצעות שיטה אחת במקום לבדוק מוטציות במספר שיטות עבור כל גן בנפרד.

ניתן להטעין על צ'יפ אחד מספר רב יחסית של דוגמאות DNA מחולים שונים בפעם אחת.

ניתן לקבל תשובות עבור גנים שלא הייתה כוונה ישירה לבדוק אותם מלכתחילה.

בשנים האחרונות מואץ מאוד קצב מציאת ביומרקרים בגידולים סרטניים. ביומרקרים אלו מאפשרים קבלת מידע מדויק יותר לגבי הפרוגנוזה של המחלה וכן התאמה טובה יותר ומושכלת של תרופות מותאמות אישית.

מכל סוגי הסרטן, סרטן הריאה מוביל היום במספר המוטציות הגנטיות שמאפשרות רפואה מותאמת אישית– הן באמצעות תרופות שהוכחו כיעילות למוטציות מסוימות והן על ידי תרופות חדישות שיעילותן עדיין נחקרת.

בדיקת מוטציות בסרטן ריאה יכולה להועיל במיוחד לאוכלוסיית החולים שלא מעשנת ולא עישנה בעבר. המוטציות הנפוצות בסרטן ריאה כוללות למשל את הגנים הבאים: ALK (5%) , EGFR (20%) ROS1 (2%) , MET (2%-4%), BRAF (1%-4%), ERBB2 (2%-4%), KRAS (30%) NTRK (0.1-1%). לכן גוברת הדרישה לבדיקה של מוטציות בגידול באמצעות פנלים גנטיים גדולים ולא בדיקה של כל גן בנפרד. בסל התרופות החדש שפרסם משרד הבריאות ב 2020 הוכנסה בדיקה חדשה לחולי סרטן ריאה שהוגדרה: "פרופיל מולקולרי של 100 גנים ומעלה בתאי גידול סרטניים על ידי ריצוף גנים מתקדם, NGS".

פנל הכנת ספריות לריצוף עמוק של חברת ThermoFisher הנקרא " Oncomine Comprehensive assay plus "משמש לבדיקת מוטציות וטרנסלוקציות במעל 500 גנים. המוטציות הנבדקות בקיט כוללות small nucleotide variants (SNVs), indels, splice variants, fusions. בנוסף מאפשרת הבדיקה קביעת סטטוס של הביומרקרים האימונותרפיים: MSI- יציבות הגנומית (MSI- microsatellite instability) וכן ערכי עומס המוטציות (TMB- tumor mutational burden) של הגידול.

השלבים העיקריים בבדיקה הם: הפקת RNA ו-DNA, יצירת cDNA, Target Selection- בניית ספרייה ב multiple PCR, ריצוף הספרייה במכשורPrime Ion S5, עיבוד הנתונים, דיווח על מקרים בהם התרחשה מוטציה או איחוי באחד מהגנים הנבדקים באמצעות כתיבת דוח פתולוגי.