כל הניתוחים של המרכז למחלות עיניים בילדים מתבצעים במסגרת אשפוז יום, הנמצא בבניין אם וילד בקומה 4. יום לפני הניתוח, יש צורך להסדיר את הניירת המנהלית (כולל התחייבות כספית מקופ"ח).
טרם הניתוח רופא מרדים יבדוק את הילד/ה, וכן הילד/ה וההורים יקבלו הסבר על תהליך ההרדמה והניתוח. ניתן גם לצפות במצגת מיוחדת שהוכנה על-ידי הצוות במטרת להפיג המתח שהילד שרוי בו לפני הניתוח. בנוסף, הרופא המנתח יבדוק שוב את הילד/ה ויקבע את שעת הניתוח.
ההורים מתבקשים להגיע למחלקת אשפוז יום שעה לפני הזמן שנקבע לניתוח המתוכנן. בדרך כלל ילדים מעל גיל 6 חודשים מקבלים תרופה מרגיעה לפני הכניסה לחדר ניתוח זאת בהתאם להחלטת המרדים.
אחרי הניתוח, הילדים נשארים בהשגחה באשפוז יום ואחרי התאוששות מלאה הם משוחררים הביתה, לרוב התהליך קורה תוך מספר שעות. מעקב וביקור לאחר הניתוח מתוכננים בהתאם לאופיו של הניתוח. הילדים שעברו ניתוח תוך-עיני יבדקו בדרך-כלל למחרת היום ואלה שעברו ניתוח חוץ-עיני מוזמנים כשבוע-שבועיים לאחר הניתוח.